한의원은 현재 혈액과 소변 검사 기기, 안압 측정기, 청력 검사기 등 의료 기기를 사용하고 있다. 진맥과 문진으로 환자의 간 상태에 이상이 의심되면 혈액 검사를 통해 간염이 있는지 등을 확인한다고 한다. 신장과 방광이 약해 보이는 환자는 소변 검사로 신우신염이나 방광염 등이 있는지 살핀다. 안압 측정기는 녹내장 의심 환자 등에게 활용한다.

그러나 한의원은 엑스레이나 CT 등 방사선을 방출하는 의료 기기는 사용할 수 없다. 의료법에 따라 방사선 안전관리자를 둬야 하는데 한의사는 여기에 포함되지 않기 때문이다. 대한한의사협회는 “엑스레이 등을 제외하고 한의사가 사용할 수 없는 의료 기기가 법에 따로 명시돼 있지 않다”며 “한의학적 진맥과 의료 기기를 복합적으로 활용해 환자를 진찰하려는 것”이라고 했다. 의료 기기를 양방만 쓸 수 있다는 것은 ‘의료권 독점’이라고 주장한다. 반면 대한의사협회는 한의사의 의료 기기 사용 자체를 반대하고 있다. 서양 의학의 산물인 의료 기기를 이용해 진료나 치료할 수 있는 의학적 전문성이 부족하다는 것이다.